人人应知的生物学：生物的分类（二）古菌、三域、两域

.方舟子.

在林奈之前当然已有很多人试图对生物进行分类，不过主要是出于实用的目的，是为了便于检索、鉴定，例如，将动物分成肉食动物、草食动物，将植物分成有毒的、没毒的、可食用的，这是人为的划分，属于人为系统。林奈提出要建一个自然系统，确定每一种生物物种在自然界中的地位，目的是为了能够反映上帝创造的计划，因为当时西方科学家全都相信生物是上帝创造的。

达尔文不信，他认为生物是进化出来的，所有的生物都有一个共同祖先。生命的进化就跟一棵树的生长一样，从根长出了一个主干，它就是所有生物的共同祖先，然后不断地分支、分叉。生物的分类就是要确定每一种生物在这棵生命树上所处的位置。一个自然系统要能够反映各个生物彼此之间的亲缘关系，也就是它们的进化关系。

我举一个例子，还举上一次谈到的生物分类的最高等级的划分作为例子。很长时间，生物学家将生物分成两大类，有一类细胞里没有细胞核，叫做原核生物，包括各种各样的细菌；另一类细胞里有细胞核，叫真核生物，包括动物、植物、真菌、藻类等等。

这个两大分类的系统用了很多年，到1977年出问题了。那个时候已经有分子生物学可以比较DNA或RNA，也就是核酸的序列来确定两个生物物种之间的亲缘关系，只不过当时核酸测序技术很落后，只能够测比较短的序列。那一年，UIUC的教授卡尔·沃斯想到了一个办法，测细菌的核糖体RNA的序列，用它来对比细菌的亲缘关系。对比发现，细菌里有一类，叫古菌，很特殊，跟别的细菌都不一样。